1つの会社が複数の契約をすることはできますか？

はい、可能でございます。

ただし、契約ごとに初期費用が発生し、契約ごとに請求書が発行されます。（1つに纏められませんのでご留意下さい）
なお、複数契約しなくとも、ユーザーグループ管理やコース管理を利用して部署ごとに実施し、コンテンツを分けることも可能です。
ただし、コンテンツ登録については、コンテンツ登録権限を持つ管理者でしたら誰でもできるため、他部署の登録したコンテンツなども同じサービス内ですと管理画面からは閲覧・編集可能となります。